Para ilmuwan juga sepakat bahwa tidak ada gen autisme, artinya tidak ada gen yang secara konsisten bermutasi pada setiap orang dengan autisme. Kemungkinan juga tidak ada gen yang menyebabkan autisme setiap kali bermutasi. Ada beberapa kondisi yang terkait dengan autisme yang berasal dari mutasi pada satu gen, termasuk sindrom Fragile X dan sindrom Rett.
Tetapi kurang dari 1 persen kasus non-sindrom autisme berasal dari mutasi pada gen tunggal mana pun. Sindrom Fragile X adalah kelainan genetik yang menyebabkan seorang anak mengalami keterlambatan perkembangan fisik dan mental, ketidakmampuan belajar dan berinteraksi, serta gangguan perilaku. Sedangkan sindrom Rett merupakan kelainan genetik yang mempengaruhi perkembangan otak, yang kebanyakan dialami oleh anak perempuan.
Sampai saat ini gen yang terlibat dalam autisme terus bertambah. Para peneliti telah menghitung sekitar 100 gen yang mereka anggap berkaitan dengan autisme. Banyak dari gen ini berperan penting untuk komunikasi antarneuron atau mengontrol ekspresi gen lain.
Mutasi pada DNA gen lah yang menyebabkan autisme, dan faktanya setiap orang memiliki ribuan varian genetik ini. Terdapat dua varian, yaitu varian umum yang tidak terlalu berpengaruh pada autisme dan varian langka yang berpengaruh lebih kuat terhadap autisme. Meskipun kondisi ini tidak bisa menjadi patokan.
Studi terbesar hingga saat ini, diterbitkan pada 2019 dan melibatkan lebih dari 18 ribu autis dan 27 ribu orang non-autis, mengungkapkan 12 wilayah genom yang menyimpan varian umum terkait autisme. Dua wilayah tambahan muncul dalam analisis ulang tahun 2020 yang berasal dari data 2019 bersama dengan sekitar 6.000 sampel tambahan.
Perubahan lain yang dikenal sebagai variasi nomor salinan (CNV), muncul sebagai penghapusan atau duplikasi bentangan DNA yang panjang dan seringkali mencakup banyak gen. Akan tetapi mutasi yang berkontribusi pada autisme mungkin tidak semuanya ada pada gen, yang membentuk kurang dari 2 persen dari genom.
Para peneliti mencoba menjelajahi 98 persen sisa genom untuk mencari ketidakteraturan yang terkait dengan autisme. Sejauh ini wilayah tersebut masih kurang dipahami, tetapi beberapa bukti mengaitkan autisme dengan mutasi pada bentangan DNA nonkode yang mengandung elemen pengatur yang mengontrol ekspresi gen.
